2001改制為民營企業，建立了現代企業制度，提高了公司經營效率；
2002年涉足物流業務，介入中石油國際總承包服務，承包國家重點工程“西氣東輸”進口材料設備國際貨運業務；
2003年更名為深圳馬飛國際物流有限公司，主營業務轉入現代物流服務；
2004年，東莞黃江塑料物流園(又稱“華南塑料城”)建成開園，逐步建立起“塑料供應鏈服務+專業塑料市場”的專業市場發展新模式，並先後被授予“中國專業市場50強”、“中國塑料供應鏈中心”、“廣東省十大專業市場”等榮譽稱號。
2005年被評為深圳市重點物流企業，享受政府財政貼息補貼；
2006年成功進行股份制改革，更名為深圳馬飛國際供應鏈有限公司，完善了公司治理機制，確立了供應鏈業務發展模式。
2007年，初步建成覆蓋全國主要海關監管區域的保稅物流網絡；
2008年6月5438+10月，公司股票正式在深交所上市，成為國內第二家上市供應鏈管理公司，實現跨越式發展；
2009年，公司及全資子公司上海和冠供應鏈有限公司均被海關總署評為“AA管理資質企業”。
2010供應鏈業務拓展至能源行業，公司煤炭供應鏈運營實現快速發展。