公司設有股東大會、董事會、監事會、管理系統、營銷系統、生產系統和藥物研究所。管理系統包括辦公室、審計部、財務部、人力資源部和信息部；營銷系統包括市場部、銷售部和商務部。生產體系包括生產計劃部、檢驗中心、品質管理部、物料供應部、設備動力部、固料車間、精烤車間。藥物研究所包括合成室、制劑室、分析測試室和臨床藥理註冊室。
公司堅持“企業就是人，人是企業的第壹資源”，對企業的發展起著決定性的作用。公司的不斷發展壯大也為社會提供了大量的就業機會。2006年公司員工人數為317人，2009年員工人數為450人。作為公司的重要組成部分，藥研院人才濟濟，博士1，碩士13，大學學歷13，形成了強大的科研開發實力。
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