1999-2001，三元牌連續三年被評為北京市著名商標。
2000年3月，通過了ISO9001國際質量體系認證。
2001.5，北京三元食品有限公司被指定為“學生飲用奶定點生產企業”。
2001.10，北京三元食品有限公司“乳制品加工技術研究及新產品開發”在國家十五科技重點項目招標中中標。
2001.8，三元牛奶被指定為21大運會用奶。
2001.12，北京三元食品有限公司被中國食品工業協會評為全國農業產業化20強食品龍頭企業。
2002年4月，北京三元食品有限公司被授予企業文化先進單位稱號。
2002年5月，北京三元食品有限公司被授予外商投資先進技術企業。
2002年6月，北京三元食品有限公司被授予中國農業銀行AAA級信用企業。
2002年9月，北京三元食品有限公司生產的液態奶被國家質檢總局評為中國名牌產品。