關於他的創業，最著名的故事是，當IBM讓他為IBM的新型個人電腦編寫操作系統時，蓋茨手頭並沒有現成的程序，但他知道壹家名為“西雅圖計算機產品”的小公司有壹個名為86-DOS的操作系統，於是他果斷地用75000美元買下了這個系統。它被重寫並改名為MS-DOS，而正是這個名為MS-DOS的操作系統被放進了IBM的個人電腦。目前，全球約有7000萬臺IBM和IBM兼容的個人電腦，其中MS-DOS系統約占90%的市場份額。另外蘋果電腦占10%的市場，蘋果電腦的軟件供應商也是微軟。
這筆交易被稱為劃時代的交易。蓋茨頭腦靈活，認定IBM的個人電腦將在未來主導電腦市場。他買了實際上不屬於他的東西，馬上賣給了田IBM。