會員制證券交易所是非營利性法人。證券交易所的會員由證券公司和其他證券公司組成。證券公司取得證券交易所會員資格後，方可參與證券交易所的交易。會員制證券交易所強調自治、自律、自我管理，會員對證券交易所的責任僅限於繳納會員費。由於會員制證券交易所不以盈利為目的，收取的費用較低，券商和投資者的負擔也相應較輕。發生交易糾紛，證券交易所不承擔賠償責任，由會員和買賣雙方自行解決。
公司制證券交易所由銀行和證券公司作為股東組成，其組織結構和相關的權利義務等法律關系受《公司法》的規定。公司證券交易的目的是盈利，因此證券公司的負擔較重，而且由於其主要收入來自成交傭金，為了增加證券交易所本身的利益，可能會人為制造證券投機行為，或者推波助瀾，擾亂證券市場。
從我國證券市場仍處於初級階段的實際出發，為保證證券市場健康穩定發展，根據國務院批準發布的《證券交易所管理辦法》第三條的規定，我國證券交易所現為會員制機構，實行自律管理。