2004年，公司與雲南、寧夏、新疆三省(自治區)水利廳簽署戰略合作協議，註冊成立雲南龍江水利樞紐開發有限公司，收購重組寧夏沙坡頭水利樞紐有限公司和新疆水心有限公司
2006年，公司收購重組無錫蘇源發電公司(後更名為無錫新華新能源發展有限公司)。
2007年，公司成立陜西新華水利水電投資有限公司、玉溪新華水利水電投資有限公司，與湖南省水利廳所屬的湖南省水利電力有限公司共同成立湖南新華水利電力有限公司。
2009年，水利部綜合局實施(第二次)產業發展改革，重組成立新華水電有限公司，將水電和清潔能源資產全部註入新公司。
2014 14，中國核建集團公司與水利部就股權重組達成戰略合作，成為新華發電控股股東。