1.生物科學與技術學院
揚州大學生物科學與技術學院(生命科學研究所)成立於1998，是在原江蘇農學院生物技術系的基礎上發展起來的。學院現有全日制本科生736人，博士生、碩士生365人。
2.建築科學與工程學院
揚州大學建築科學與工程學院是揚州大學的二級學院，位於中國首批歷史文化名城揚州市。2003年6月+2月由原揚州大學水利與建築工程學院單獨組建，2065年8月+00年由江陽路南校區遷至揚子津校區。校園很美，充滿了人性和活力。
3.環境科學與工程學院
揚州大學環境科學與工程學院成立於2003年，歷史1952。學院位於揚州大學揚子津校區，校園風景優美，交通便利。