法人主體不同:有限公司是獨立法人，具有獨立承擔民事責任的能力；分行不是獨立法人，其民事責任由總行承擔。
註冊不同:有限公司需要在工商部門註冊，有獨立的營業執照；分公司只需要在工商部門備案，沒有獨立的營業執照。
經營範圍不同:有限公司的經營範圍由公司章程規定，可以跨地區經營；分行的業務範圍只能在總行授權範圍內，不能超出總行的業務範圍。
稅務處理不同:有限公司需要繳納企業所得稅，而分公司的利潤需要匯總到總公司，總公司繳納企業所得稅。
出資人不同:有限公司的出資人可以是自然人、法人或其他組織，而分公司的出資人只能是總公司。
所以，根據不同的業務需求和業務特點，可以選擇合適的企業形式。