玉溪沃森主要生產部分種類的疫苗，雲南沃森則負責其他產品或業務的運營。但是，它們在R&D屈臣氏生物的統壹管理和指導下，生產和銷售，確保了產品質量和業務的協同。所以，雖然名字略有不同，但實際上都是同壹個企業的壹部分。
綜上所述，玉溪沃森和雲南沃森在業務上是有分工的，但都屬於沃森生物總公司，所以確實是同壹家企業。