線粒體內參抗體，常用的細胞總蛋白內參包括GAPDH和細胞骨架蛋白β-肌動蛋白或β-微管蛋白等。對於某些植物樣品，需要特殊的植物肌動蛋白作為內參。當實驗樣本僅為核蛋白，而非細胞總蛋白提取液時，可用組蛋白H或增殖細胞核抗原(PCNA)作為核內參照抗體。
然而，在壹些針對線粒體這壹微環境的特殊研究項目中，需要提取線粒體總蛋白並檢測目標蛋白含量。這時候常規的細胞總蛋白內參就不太合適了。我們建議使用總線粒體蛋白的內部參考抗體。對於線粒體蛋白的檢測，常用COX IV或VDAC1作為內參抗體，其中COX IV是被引用最多的線粒體內參。COX IV的檢測分子量約為16kD，更適合在大型WB實驗中檢測目的蛋白。
應用:
細胞色素c氧化酶是壹種異寡糖，通常含有13亞基，位於線粒體內膜，是線粒體呼吸鏈的酶復合物。形成催化中心的細胞色素c氧化酶的三個最大亞單位由線粒體DNA編碼，包括COX IV在內的其余10亞單位由細胞核中的基因組DNA編碼。細胞色素c氧化酶(COX)活性的缺乏與許多人類疾病有關。
COX IV抗體可作為線粒體蛋白負載的內參抗體，其檢測靶蛋白大小約為16kD。