九洲藥業R&D中心是省級高新技術研發中心(簡稱“九洲省高新技術企業新藥研發中心”)，在泰州、杭州設有研究院，有兩個研發專項中試車間，2008年成為國家級博士後科研流動站。該中心是現代化的高科技R&D中心，功能齊全，擁有眾多標準實驗室、核磁共振、液體質量等高端檢測設備，按照歐美大型藥企標準設計。中心現有R&D人員200余人，其中“浙江省海外高層次人才計劃”帶頭人、博士8人、碩士30余人。他們中85%以上的人具有大學以上學歷，很多人都有在歐美等發達國家學習和工作的經歷。該中心與中科院、清華大學、浙江大學、南開大學、浙江工業大學、上海交通大學等國內知名高校和科研機構有著廣泛而深入的合作。該中心致力於新藥和制藥技術的研究，每年投入大量資金進行研發，並建立了完善的R&D創新體系和評價獎勵體系。近年來，公司每年有60多個R&D項目，在產品開發和技術創新方面取得了突出成績，得到了國家各級相關部門的肯定。基於R&D中心的成果，九洲藥業於2009年被認定為浙江省創新試點企業，2010年被認定為浙江省專利示範企業，2011年被認定為浙江省專利示範企業。
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