負責基金會秘書處日常事務的統籌協調，承擔文秘、檔案和保密工作；負責與基金會董事的聯絡；協調和管理基礎信息網絡系統；負責掌握國內外基金會等公益組織的動態，並負責相關聯絡工作。
項目規劃部
通過策劃和組織實施相關項目，籌集資金或實現基金增值；合理有效使用資金開展支持和服務殘疾人的公益項目或活動。
宣傳聯絡部
負責制定基金會的宣傳工作計劃；做好籌資相關的大型會議和活動的宣傳策劃和對外聯絡工作；做好相關項目的規劃、組織和協調工作；做好對外交流合作的宣傳聯絡工作；承擔領導交辦的其他任務。
資產管理
負責接受國內外社會各界對中國殘疾人事業的捐贈，管理中國殘疾人福利基金會的資產，承擔基金會的基金增值工作。
行政辦公室
負責基金會的日常行政、後勤服務和保障；承擔基金會的財務和人事工作；管理基金會的固定資產和材料。