1988總公司與地方分公司脫鉤，全方位開展藥品、醫療產品自營和代理進出口業務。
1993年，公司先後在深圳、珠海、廈門等沿海城市投資設立了北京以外的10多家獨立子公司，業務規模迅速擴大。
1998年，公司投資塘沽藥材儲存加工廠壹期工程，後陸續完成二期、三期工程。
1999，公司加入中國通用技術集團，成為其發展醫藥健康產業的核心企業。
2002年，公司在寧夏和內蒙古建立了天然藥物種植和養護基地。
2004年，公司改制為有限責任公司，更名為中國醫藥保健品股份有限公司。
2005年，中國醫藥保健品股份有限公司與中技貿易股份有限公司(上市公司，股票代碼:600056)完成資本整合，開始壹體化運營；同年，公司將海南通用三洋制藥有限公司納入公司西藥業務管理體系，正式成立了擁有公共綜合保稅倉庫的物流中心。
2006年，公司各業務單元采用事業部模式。