1988總公司與地方分公司脫鉤,全方位開展藥品、醫療產品自營和代理進出口業務。
1993年,公司先後在深圳、珠海、廈門等沿海城市投資設立了北京以外的10多家獨立子公司,業務規模迅速擴大。
1998年,公司投資塘沽藥材儲存加工廠壹期工程,後陸續完成二期、三期工程。
1999,公司加入中國通用技術集團,成為其發展醫藥健康產業的核心企業。
2002年,公司在寧夏和內蒙古建立了天然藥物種植和養護基地。
2004年,公司改制為有限責任公司,更名為中國醫藥保健品股份有限公司。
2005年,中國醫藥保健品股份有限公司與中技貿易股份有限公司(上市公司,股票代碼:600056)完成資本整合,開始壹體化運營;同年,公司將海南通用三洋制藥有限公司納入公司西藥業務管理體系,正式成立了擁有公共綜合保稅倉庫的物流中心。
2006年,公司各業務單元采用事業部模式。