公司下設三家專業運輸公司:礦石運輸公司——主要從事散裝或袋裝金屬礦石、礦砂、礦粉及冶金輔料的運輸業務；煤炭運輸公司-主要從事煤炭、焦炭、可燃片巖等貨物的運輸業務；綜合運輸公司-主要從事鋼材、水泥熟料、糧食、化肥、非金礦等貨物的運輸業務。2.整批運輸
公司的特種貨物運輸公司——散貨運輸公司，擁有單位載重18-30噸/m2的1L特種船舶，從400噸到1000噸不等，可在長江任何港口掛靠武漢長江航運公司直屬的其他運輸船舶。我公司所能承運的船舶都有A、B、C、J四個航區的適航證，運輸散貨。可承擔各類大型機電設備、化工設備、金屬結構件的運輸，特別適用於超重、超大、超長、危險品、特殊外觀、異形設備等物料的運輸。該船在水深1.3m以上的任何水域都是適航的，適用於各種碼頭裝卸。
3.船舶
長航上海海運公司是公司下屬的專業海運公司，主營國內沿海、長江、江海聯運和江海直達散貨運輸，主要承運幹散貨運輸，包括鐵礦石、煤炭、輔料、水泥熟料、雜貨等。公司經營3000噸至5萬噸船舶20余艘，總運力超過50萬載重噸，經營航線遍布國內沿海地區和長江中下遊港口，年貨運量654.38+07萬噸。