R&D部:發展戰略研究；新業務、新產品開發和規則設計；債券市場研究與債券研究會日常工作雜誌。
客服部門:客服；結算業務的監控和結算指令的緊急處理；債券櫃臺業務
發行服務部:債券發行業務服務；公開市場操作服務。
托管部:托管賬戶管理；債券的登記、托管和轉讓。
資金結算部:辦理資金結算業務，負責與資金結算相關的賬號、資金、賬戶、系統、會計數據及相關系統的管理。
債券信息部:中國債券數據統計、中國債券收益率曲線及估值、中國債券指數編制及分析、中國債券信息網編輯。
系統部:系統集成、建設和運營支持；網絡通信系統的建設和管理；信息技術管理；CA證書管理。
軟件部門:應用軟件的設計、開發和維護。
財會部:境內外債券業務的資金結算劃轉；機構債券；本金和利息的支付；公司財務會計。
審計部:內部業務審計；法律事務；紀檢監察。
人力資源部(黨委工作部):人事勞動工資管理；員工培訓；黨的組織工作。
培訓部:為國內外市場成員設計、開發、組織和編寫培訓材料。
物流管理部:負責公司的物流管理、安全、固定資產的購置、管理和維護。