公司設有總經理辦公室、資產財務部、人力資源部、規劃發展部、監察審計部、市場部、銷售部、安全環保部、生產管理部、法律事務部、黨群工作部、工會。
鹽務局下設經銷處和鹽政稽查處。
商業流通特許經營業
重慶鹽業(集團)有限公司重慶東北管理處、重慶西管理處、重慶東南管理處(正處級)、34家鹽業分公司(由管理處管理)、重慶鹽業合川經銷有限公司、重慶鹽業萬州經銷有限公司、重慶鹽業東南經銷有限公司、中鹽重慶物流配送有限公司、重慶京信物流配送有限公司(參股)、四川重鹽經貿有限責任公司(全資)、貴州中鹽經貿有限責任公司(全資)、 湖北中煙經貿有限公司(全資)、廣西中煙經貿有限公司(全資)、貴州於謙經貿有限公司(50%股權)等。
制鹽和化學工業
重慶合川鹽化工有限公司、中鹽重慶長壽鹽化工有限公司(持股)、重慶雲陽鹽化工有限公司(持股)、重慶三陽化工有限公司(持股)。
食品調味工業
重慶飛亞實業有限公司(全資)、重慶楚天田燕食品有限公司、哈爾濱菊花生物科技有限公司、內蒙古馬飛生物科技有限公司(全資)、重慶馬飛盛華工貿有限公司、重慶馬飛生物科技有限公司、重慶涪陵辣妞集團有限公司(控股)、重慶寶黑子食品有限公司、雲陽金谷農業開發有限公司、(全資)重慶百方酒店有限公司(