在綜合電子信息系統中，體系結構主要包括三個層次:共享基礎設施層，其中以信息網絡、安全和綜合管理為支撐的綜合信息系統屬於系統的基礎共享部分，通過這壹層次可以有效實現系統間的互聯互通；
壹般業務功能系統，包括指揮控制系統、情報偵察系統、信息保障系統和預警探測系統，屬於運行平臺；
應用系統層是綜合電子信息系統的重要組成部分，提供信息系統的主要功能。