中山大學金奎大基因有限公司於2006年3月8日經廣州市經濟體制改革委員會批準(穗改股字[2006 54 38+0]3號)，並經廣州市人民政府和廣東省人民政府確認。由中山醫科大學、廣州生物工程中心、王友明、紅塔創新投資有限公司、深圳市鴻清源投資發展有限公司共同發起設立
由劉強、國信證券股份有限公司、深圳市同創投資顧問有限公司(後更名為深圳市同創創業投資有限公司)、何、、、吳作為發起人，依法變更發起設立中山醫科大學金奎大基因有限公司，註冊資本3470萬元。
2006 54 38+0 10 10月26日，根據教育部[2006 54 38+0]42號文發布的《關於中山大學與中山醫科大學合並的決定》，中山醫科大學與公司原第壹大股東中山大學合並，組建新的中山大學。合並後，新組建的中山大學成為公司第壹大股東。