第三方支付機構主導的模式是壹些有實力的第三方經濟體通過與不同銀行簽約的方式提供交易平臺(如智能支付)，整個交易也在第三方支付平臺的介入下責任明確、分工明確。銀行作為資金的供應者，保證資金的及時支付；運營商作為信息的傳輸渠道，向第三方機構和銀行發送指令；第三方支付平臺作為中介，保證交易的順利完成。這種商業模式要求平臺運營者在推廣能力、技術研發能力、資本運作能力等方面具有較高的行業號召力。
第三方支付提供的服務主要包括:在線支付(B2C、B2B)、移動支付、點卡支付、代收代付、二維碼支付、資金托管服務、二維碼收款通道、壹鍵APP收款及分支機構與企業直連、代收代付、跨境結算、跨境服務等增值服務。