公司組織機構為董事會領導下的總經理負責制,設副總經理5名。施工期間,公司各部門以1分為五室,即工程建設管理部、工程經濟管理部、物資供應部、計劃財務部、人力資源部、統壹辦公室。施工期間共有員工57人,其中大專以上學歷46人,占員工的80%;中級以上職稱人員24人(其中高級職稱4人),占員工總數的42%。
吳棟鐵路開通後,將實行自管自辦、站區壹體化的運營管理模式。公司總部設有運輸部、工程部、財務部、人力資源部、物資裝備部、企業管理部、辦公室、安全監察室等六個部門和兩室。沿線車站員工總數將達到910人。其中公司總部106人,沿線站區804人。