首先，在公司的地位不同。董事會秘書是由董事會直接任命的公司高級管理人員，在《股票上市規則》、《上市公司章程指引》等多份文件中都有規定。而董事長的秘書是由董事長等高管或公司人力資源部門聘請的。
其次，工作職責和內容不同。董秘的職責和工作內容包括:組織籌備股東大會和董事會；組織實施投資者關系管理；組織信息披露；協調與監管部門的關系，確保公司的規範運作；策劃公司資本運作和企業直接融資；聯系股東、券商、媒體等日常事務；協調董事會、監事會和經理等的內部工作。總書記服從領導的安排。
第三，服務對象不同。秘書長由董事會任命，對董事會負責。他工作的主要對象包括董事會、管理層、公司股東、中小投資者、機構投資者、監管機構、中介機構等公司利益相關者，起到了橋梁和紐帶的作用。總書記基本上是壹對壹的服務。