被告公司註銷的處理方式是，原被告在訴訟中達成調解協議或者作出生效判決的，按照上述文件的規定辦理；如果達不成協議，即撤銷，原告可以起訴其清算組成員。
法律客觀性:
《公司登記管理條例》第四十九條分公司被依法撤銷、責令關閉、吊銷營業執照的，應當自決定作出之日起30日內向分公司公司登記機關申請註銷登記。申請註銷登記，應當提交公司法定代表人簽署的註銷登記申請書和分公司營業執照。公司登記機關核準註銷登記後，應當收繳分公司的營業執照。