復旦科技園的產業定位是電子信息產業，園區環繞復旦大學校園，為高校資源的延伸和地理空間上的產學研互動帶來了極大的便利。根據不同的功能定位，分為以聚集和培育成長型高新技術企業為主的主園區，位於國泰路11號。以R&D和人才培訓為重點的信息產業R&D基地位於邯路100號。專註於集聚和培育初創數字媒體企業的復旦科技園國家數字媒體產業基地，位於國泰路127號。
上海復旦科技園有限公司作為復旦大學國家大學科技園的運營載體，承擔著科技園的建設和管理。公司由復旦大學、上海楊浦科技投資發展有限公司、上海陸家嘴金融貿易區發展有限公司、上海尚可科技投資有限公司、上海科技創業中心、上海新楊浦置業有限公司等6家股東投資設立，註冊資本1億元。