1，使用方式不同:兩者的主要區別是用現金還是存單做抵押。存單質押是指借款人以貸款銀行出具的未到期的本外幣個人定期存單(與銀行簽訂擔保承諾協議的其他金融機構出具的存單也有抵押貸款)。
保證金質押是指借款人將錢存入在銀行開設的專用賬戶，並承諾用賬戶內的錢作為償還貸款的擔保。當借款人不履行債務時，貸款銀行有權直接從專用存款賬戶中扣劃存款用於償還貸款。
2.不同形式:以自己或他人的存單作抵押向金融機構借款。貸款機構在核實存單真偽後，通知出具存單的存款銀行辦理資金凍結手續，即登記止付，俗稱“核押”，並與借款人簽訂質押貸款合同，同時將存單保管在貸款機構手中，防止存單所有人在借款人歸還全部貸款本息前提取存款；
3.不同組織:自然人之間或者自然人與法人或者其他組織之間，法人與其他組織之間，存在債權債務關系，債務人以自己或者第三人所有的存單作為債權質押擔保。
債務人為保證債權人的履行能力(非金融機構)，將自己或第三人的存單交給債權人占有，作為其債務及時履行的擔保，並與債權人約定，債務到期後債務人不能完全履行債務的，可以優先向債權人受償。
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