股權激勵改變了員工單壹的員工身份，成為公司的股東。壹旦因為員工跳槽或員工被辭退而引發勞動爭議，情況就會變得復雜，因為除了勞動爭議，公司和員工之間還不可避免地會有股權糾紛。對於上市公司來說，情況要樂觀得多，因為員工只是股票二級市場的壹員，但對於有限責任公司來說，必須謹慎處理。因此，公司在制定員工持股計劃時，壹定要設計好與員工發生勞動糾紛後的股票退出方案，否則很容易陷入股權糾紛的泥潭。
第二，股權激勵要註意持股數量。
持股過多的後果就是大家都是百萬富翁，千萬富翁，那麽作為高管和員工，就會失去工作的激情。如報道所說，深圳創業板的公司每天都在上演百萬富翁的神話，結果這些公司的老板都去做其他投資了；如果持股數量太少，既不會讓高管和員工感受到持股的激勵作用，也不會產生凝聚力。所以，股數的選擇很重要。