股轉系統堅持公開、公平、公正的原則，完善市場功能，強化市場服務，維護市場秩序，促進市場創新，保護投資者和其他市場參與者的合法權益，促進場外市場健康發展，促進民間投資和中小企業發展，有效服務實體經濟。經營範圍為非上市股份公司股份公開轉讓的組織安排；為未上市股份公司的融資、並購及其他相關業務提供服務；為市場參與者提供信息、技術和培訓服務。
全國股份轉讓公司的主要職能包括:為證券交易提供技術系統和設施；制定和修訂全國股份轉讓系統業務規則；受理和審核股票上市申請及相關業務，安排符合條件的公司上市；組織和監督證券交易及相關活動；監督上市公司和其他信息披露義務人；監管主辦證券公司等全國股權轉讓系統參與者；管理和發布全國股權轉讓系統相關信息；中國證監會批準的其他職能。