第壹，主體資格不同。子公司具有獨立主體資格，享有獨立法人地位；分公司不具有獨立的民商事主體資格，只是公司的分支機構，不具有法人資格。
第二，稱謂不同。分支機構沒有獨立的名稱，必須冠以某個分支機構的名稱，以提醒當事人；而子公司都有自己獨立的名字。
第三，意誌之間的關系不同。子公司作為獨立法人，在法律上是獨立的，母公司不能直接指揮子公司的經營管理活動；分公司作為公司的壹個分支機構，其業務執行和資金劃撥完全由公司掌控，與公司存在管理和被管理的關系。
第四，財產關系不同。在財產關系結構上，子公司雖然有母公司的參與，但仍有自己的財產；分公司的財產歸公司所有，是公司財產不可分割的壹部分。所以分公司沒有獨立的合法財產，而子公司的財產是完全獨立的。
第五，財產責任不同。子公司作為獨立的法律主體，獨立經營，獨立核算，其壹切後果，包括財產責任，都由自己承擔。分公司作為從屬主體，既沒有自己的獨立財產，也沒有自己的獨立意誌，因此其經營後果應歸公司所有，由此產生的財產負債也應由公司承擔。