基因測序就像壹把雙刃劍。如果使用不當，它也有消極的壹面。如果全基因檢測普及，基因缺陷者的信息壹旦落入被檢測雇主手中，將對其生活產生負面影響。
而且基因測序的不確定性是個體化治療的唯壹基礎，其他還包括基因治療等其他技術基礎。更重要的是，對於任何基因測序設備，在臨床使用之前，都需要對其可靠性和可重復性做完整的臨床試驗，並獲得FDA和CFDA的權威認證。