1，產業結構風險依然突出:核心業務單壹的產業結構風險是公司成立以來長期存在的突出問題。公司非稅業務核心競爭力與涉稅業務相比差距明顯，除金稅系統外缺乏能夠帶動整體發展的支柱產品和項目。這種情況短期內很難得到根本改變。
2.資金優勢沒有得到充分發揮:由於體制限制、專業人才缺乏、管理理念滯後等多重因素，航天信息積累的數百億貨幣資金長期沒有得到有效利用。
3.R&D能力弱:與國內外科技企業相比，R&D的投資比例遠遠落後。
4.市場化運作能力太弱:公司現有的組織架構和管理體系仍按照涉稅業務發展所需的模式建立，已不能滿足轉型升級和可持續發展的要求。
5.核心人才缺乏:公司缺乏高端領軍人才，尤其是國際國內壹流的高端科技人才、行業營銷人才、國際化經營人才和各類管理人才。