1，性質不同:除合資公司、中外合資公司、中外合作公司外，法律不強制發起人訂立；公司章程是法律規定的設立公司的必備文件；
2.內容不同:合資協議是壹種不必要的法律文件，主要是根據當事人之間的意思表示，規定發起人在公司籌建過程中的權利和義務，本質上是當事人之間的合同；公司章程是重要的法律文件，壹方面反映了當事人的主觀要求，另壹方面也反映和體現了法律對公司內外部關系的強制性要求；
3.效力不同:聯營協議只對設立階段的發起人具有合同約束力；本章程對公司、股東、董事和高級管理人員具有約束力。
法律依據:《中華人民共和國公司法》
第十壹條設立公司必須依法制定公司章程。本章程對公司、股東、董事、監事和高級管理人員具有約束力。
第十二條公司的經營範圍由公司章程規定，並依法登記。公司可以修改公司章程，變更經營範圍，但應當辦理變更登記。
公司經營範圍中法律、行政法規規定須經批準的項目，應當依法經過批準。