河南航空前身是鯤鵬航空。2006年，國航集團深航和美國梅薩航空集團(有報道說是美國最大的支線航空集團，沒有根據，當時為了造勢，應該是誇大宣傳)，深航最初擁有51%的股份，梅薩航空集團擁有49%。
鯤鵬航空於2007年9月開始運營。
2008年，梅薩集團在美國申請破產，深航出資收購全部股份，鯤鵬成為深航全資子公司。
2009年6月，公司獲得河南省政府支持。2009年6月更名為河南航空，但公司logo壹直沒有變，仍使用鯤鵬航空的logo。10年3月，國航投資河南航空。至於河南省政府是否會投資，該公司尚未公布細節。