黑龍江北大荒農墾集團公司是農墾總局下屬單位，簡稱北大荒集團。長期以來，管理局和北大荒集團沒有分清政企。2008.09，北大荒集團經營分離，假設農墾下屬企業全部由北大荒集團管理。目前尚未實施，農墾總局下屬龍頭企業仍由農墾總局任免。
黑龍江北大荒農業股份有限公司嚴格意義上是北大荒集團公司的子公司，是農墾總局運營的上市公司，包括16農場和三家公司。