華潤醫藥旗下擁有華潤醫藥產業發展(北京)有限公司、創新孵化事業部、華潤醫藥商業集團有限公司、華潤三九藥業有限公司、華潤雙鶴藥業有限公司、山東東阿阿膠股份有限公司、華潤賽科藥業有限公司、華潤紫竹藥業有限公司、安徽華源藥業有限公司、華潤片仔癀藥業有限公司等企業。其中，華潤三九(000999)、華潤雙鶴(600062)、東阿阿膠(000423)為國內a股上市公司。2012年，華潤醫藥實現營業額986億港元，營業利潤61.5億港元，總資產856億港元，位列中國醫藥行業前三。