1，淺表型:起初常呈點狀，形狀不規則，點數不定。真菌感染通常局限於指甲表面。可通過外用藥物治療，如使用阿莫魯芬搽劑、特比萘芬軟膏、舍他康唑軟膏，或用含有水楊酸和苯甲酸的軟膏外用；
2.甲下型:整個指甲可呈灰色，逐漸變為黃褐色直至黑色，然後甲板變質，甲床變厚，深甲包括甲床及周圍組織被真菌感染。由於外用藥的滲透性有限，很難治療指甲深部組織和指甲周圍組織。此時單純外用藥無法達到治療效果，需要考慮聯合使用口服藥物進行治療。臨床上通常選擇口服藥物如特比萘芬和伊曲康唑進行抗真菌治療。
除藥物治療外，如果癥狀嚴重或合並甲溝炎，應遵醫囑去除灰指甲，還可采用激光療法和光動力療法抑制致病菌，殺滅微生物。