1.不同公司:京港地鐵所屬公司為北京基礎設施投資有限公司、北京首都創業集團有限公司、香港地鐵有限公司，共同出資合並。北京地鐵的前身是北京地鐵總公司和京港地鐵有限公司，主要屬於地鐵建設、運營和管理的專業化公司。
2.運營線路不同:京港地鐵運營線路有4號線、大興線、17線、16線、14線。北京地鐵包括地鐵2號線、10線、19線等17條運營線路。
3.發展理念不同:從2012開始，北京地鐵就明確將對58個終點站進行藝術化裝修運營，這種藝術化裝修將配合地鐵的設計和地面建築的景觀，從而打造出地下與地下完全統壹的藝術風格。