公司成立後，通過有效整合，建立和完善了法人治理結構，按照現代企業管理模式建立了較為完善的內部管理體系，實現了物流、資金流、信息流、人力資源的壹體化管理。公司於2001年經人事部批準，成立博士後科研流動站。2001年底通過ISO9001質量管理體系認證；2002年被評為省內普通高校優秀科技企業；2002年被認定為省級技術中心；2003年獲得安徽省質量管理獎；同年，被共青團中央、中華全國青年聯合會命名為第三批青年科技創新示範基地。2004年榮獲“全國用戶滿意產品”稱號；2005年，再次被評為“重合同守信用”單位。
HKUST創新有五個分公司，分別是華福、科聚、中佳、天安和自動化。主要參股和控股公司為上海中科研發中心有限公司、合肥科達利安安全科技股份有限公司、安徽西彭房地產開發有限公司、合肥世安消防工程有限公司..
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