當樣品閥處於樣品加載位置時，壹定體積的樣品溶液被註入樣品定量環。當進樣閥切換到進樣位置時，洗脫液將樣品定量環中的樣品溶液(或富集濃縮柱上檢測到的離子被洗脫)置換到分析柱中，對側的陰離子根據其在分析柱上不同的保留特性被分離。當洗脫液攜帶樣品通過抑制器時，所有陽離子被交換成氫離子，氫氧化物洗脫液被轉化成水，碳酸鹽洗脫液被轉化成碳酸，背景電導率降低。同時，被測陰離子轉化為相應的高電導率的酸。電導檢測器檢測響應信號，數據處理系統記錄並顯示離子色譜圖。被測離子用保留時間表征，被測陰離子用峰高或峰面積定量，測得相應的離子含量。
該方法特別適用於水溶液中低濃度陰離子的測定，如飲用水水質分析、高純水、礦泉水、雨水、各種廢水和電廠用水分析、紙漿和漂白液分析、食品分析、生物體液(尿液和血液)中離子的測定等。)，以及在鋼鐵工業和環境保護方面的應用。離子色譜法可以測定以下類型的離子:有機陰離子、堿金屬、堿土金屬、重金屬、稀土離子和有機酸，以及胺和銨鹽。
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