工業是連雲港經濟的主體，工業生產總值1999達到117億元，占全市生產總值的41%。初步形成了以化工、輕工、醫藥、紡織、電子、機械、皮塑、建材、糧油、建築、工藝美術等為支柱的工業體系。從65438年到0999年，全市共有鄉鎮以上工業企業4萬多家。國有大中型企業近60家。2005年國民生產總值527億元，到2010年，地區生產總值將超過100億元。
在整個工業體系中，化學工業壹馬當先；其中連雲港堿廠是全國三大堿廠之壹，年產量80萬噸；淮北鹽業集團是中國四大鹽場之壹，年產量280萬噸。
新興醫藥產業中的抗癌藥、中成藥、藥包材領域均處於全國領先水平，其中恒瑞醫藥、金鐘藥包材、康源藥業、鄭達天晴集團均為國家高新技術企業，發展潛力巨大。
絲織業正在向現代化邁進，初步形成了棉紡、毛紡、絹紡、化纖紡、針紡、服裝和紡織機械制造等門類齊全，並配套絲綢、織造、染色和服裝加工的工業體系。連雲港中山氨綸有限公司年產3500噸，是全國最大的氨綸紗線生產企業，起著舉足輕重的作用。
輕工業方面，以江蘇三得利食品有限公司、江蘇湯溝酒業有限公司、連雲港王宓酒業有限公司為首的釀酒業在國內頗有名氣，產量和質量均居江蘇前列。