法律分析:兩店合並的股份分配需要協商處理。協商不成的，可以按照凈資產估值進行分配。公司合並時，需要簽訂合並協議。協議內容應包括因合並而存續或新設公司發行股份的總數、種類和數量，或投資總額，以及各投資方在投資總額中所占的比例。
法律依據:《中華人民共和國公司法》第壹百七十三條:公司合並，應當由合並各方簽訂合並協議，並編制資產負債表及財產清單。公司應當自作出合並決議之日起十日內通知債權人，並於三十日內在報紙上公告。債權人自接到通知書之日起三十日內，未接到通知書的自公告之日起四十五日內，可以要求公司清償債務或者提供相應的擔保。
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