1，定義不同:企業單位壹般指生產性單位。民辦非企業單位是企業、事業單位、社會團體、其他社會力量和公民個人利用非國有資產舉辦的從事非營利性社會服務活動的社會組織。
2、特點不同:企業單位的特點是自收自支，通過成本核算、盈虧比例，通過自己的利潤解決自己的人員供養、社會服務，創造財富價值。民辦非企業單位的特點是不以營利為目的。
3.不同領域:民辦非企業單位主流分布在教育、衛生、文化、科技、體育、勞動、民政、社會中介服務、法律服務等領域。社會各行各業都有企業單位參與，大部分地區都有企業單位參與。
參考資料:
百度百科-企業單位
百度百科-民辦非企業單位