南京財經大學的碩士專業包括理論經濟學、法學、馬克思主義理論、外國語言文學、數學、計算機科學與技術、食品科學與工程、管理科學與工程、工商管理。加上因國家學科目錄調整由二級學科升格為壹級學科的統計學碩士，學校授權壹級學科11個，二級學科58個，碩士學位授權點6個。
南京財經大學的學科建設；
江蘇省5個重點學科:應用經濟學、產業經濟學、金融學、企業管理、統計學。
1博士後流動站:應用經濟學。
1項目:現代糧食流通產業發展與政策。
11碩士學位學科:應用經濟學、理論經濟學、法學、馬克思主義理論、外國語言文學、數學、計算機科學與技術、食品科學與工程、管理科學與工程、工商管理與統計。
有6個專業學位學科:工商管理碩士、金融碩士、應用統計碩士、保險碩士、資產評估碩士、會計碩士。
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