南京地鐵有限公司簡稱南京地鐵公司，設立為局級企業單位。南京地鐵有限公司由南京地鐵總公司和南京地鐵建設指揮部組成。南京地鐵總公司主要負責南京地鐵線路的運營和維護，南京地鐵建設指揮部主要負責南京地鐵項目的規劃、設計、融資、建設、運營和地鐵相關物業開發。
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