南京開發區東區23.5%的企業分布在批發業，16%分布在公路運輸、多式聯運及運輸代理、水運、空運、鐵路運輸。其中註冊資本超過1000萬的企業有華夏億能(南京)新能源有限公司、南京新港文化旅遊發展有限公司、南京明州碼頭有限公司、GCL綠能系統科技有限公司、南京萬偉冷鏈物流有限公司等。
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