第壹，南京森林警察學院有森林生態與環境研究所，致力於森林生態與環境保護相關的科學研究，包括旱地生態系統、濕地生態系統、城市生態系統等領域的研究。
其次，南京森林警察學院還有野生動物研究所，其研究主要包括野生動物保護、繁殖和飼養。該組織以其多年來在大熊貓保護領域的成功經驗而聞名。
第三，南京森林警察學院林木遺傳育種研究所主要開展林木遺傳改良和良種繁育研究工作。該機構的研究成果廣泛應用於林業生產和生態恢復。
此外，南京森林警察學院還有其他許多科研機構，包括林業經濟與管理研究所、森林采伐工程與機械化研究所、森林防火研究所等，都在不同程度上為森林資源保護與管理領域做出了突出貢獻。