兩者的區別在於，內控手冊包括內部制度，但不限於制度，還包括管理決策、崗位分工和風險防範、作風建設等諸多方面。該匯編比內部控制手冊更詳細，包括所有的系統。
內部控制手冊是根據通行的內部控制框架，從內部控制的角度記錄企業關鍵內部控制活動的系統文件，系統編寫。制度匯編是對公司的各種管理制度、規章制度進行梳理。完善和梳理體系，明確審核體系的相關性、效用和保障措施，補充ISO體系文件。使公司管理制度化、規範化。確保制度合理、科學、簡潔明了，具有較強的可操作性。使管理有效。