部分私募基金按照信托制度運作，即私募股權信托投資，是指信托公司將信托計劃下獲得的資金投資於股權。采用信托制度運作模式的好處是，可以借助信托平臺快速集中大量資金，起到資金放大的作用。但也存在壹些不足，如信托業缺乏有效的登記制度。
也可以采用有限合夥制，明確體現了有限合夥制的優勢，比如“有錢，貢獻大”。在運作上，有限合夥企業不委托管理公司管理資金，而是由普通合夥人直接管理資產、經營企業事務。其優點是只對合夥人征稅，避免了雙重征稅。
“公司+有限合夥”的模式是股權投資基金最常用的運作模式，其中公司是指基金管理人是公司，基金是有限合夥企業。好處在於公司制實行有限責任制，壹旦基金面臨不良狀況，負有限責任的管理公司可以成為風險屏障，從而降低管理人的個人風險。