沼澤紅假單胞菌的分類：按照《伯傑細菌鑒定手冊》（1974年第8版）將光合作用不產氧的光合細菌列為細菌門真細菌綱紅螺菌目(Rhodospirillales)。紅螺菌目下分紅螺菌亞目(Rhodospirillineae)和綠菌亞目(Chlorobiineae)。紅螺菌亞目下分紅螺菌科(Rhodospirillaceae)和著色菌科(Chlorobiaceae)，綠菌亞目下分綠硫桿菌(Chlorobiaceae)和綠色絲狀桿菌(Chloroflexaceae)，***18屬，約45種。沼澤紅假單胞菌屬於紅螺菌科、紅假單胞菌屬。