五九所主要有環境工程、防護包裝、精密成形與特種技術、輕量化、高強度與功能材料、高性能塗層與防腐蝕等六個專業。擁有國防科技工業自然環境實驗研究中心、國防科技工業精密塑性成形技術研究中心、重慶腐蝕與防護工程技術研究中心三個國家級、省部級技術研發中心，構建了博士後研究中心和四個方向的“環境工程”研究生培養中心兩個人才培養平臺。自成立以來，共獲得國家、省、部級科技成果獎100余項，持有國防專利5項，通過ISO9001質量體系認證，承擔了國內外公開發行的《表面技術》、《包裝工程》、《設備環境工程》三種中文核心期刊的編輯出版工作。先後被重慶市委市政府授予“重慶市文明單位”和首批“重慶市科技成果轉化示範中心”等榮譽稱號。
在充滿希望的新世紀，研究院將始終堅持“自主創新、科技立院”的發展戰略，發揚“團結、規範、學習、創新”的精神，與社會各界廣泛合作，攜手共創美好明天。