中國船舶工業系統工程研究院前身船舶系統工程部成立於1970年，隸屬於中國船舶集團有限公司。
是我國最早將系統工程理論和方法應用於海軍裝備技術發展、最早以“系統工程”命名的軍工科研單位。
截至2019年底，系統工程研究院***獲得科技進步獎451項，其中國家級獎項28項，省部級獎項250項；獲得授權專利852項，專利申請2070件，軟件著作權登記401件。
兩次被中***中央、國務院、中央軍委授予“某裝備發展建設工程重大貢獻獎”。
曾被國務院、中央軍委聯合授予“某工程建設重大貢獻獎”，被國防科工局授予“國防科技工業軍工文化建設示範單位”稱號。獲得“中國產學研合作軍民融合獎”、“中國產學研合作好案例獎”、“全國老幹部工作先進集體”稱號。
先後多次獲得“全軍裝備預先研究先進集體”、“軍工能力建設先進單位”、“中央企業先進集體”、“中央國家機關文明單位標兵”、“社會公益組織優秀合作單位”等榮譽稱號。