學院充分利用熱帶、亞熱帶生物資源的優勢，在水產養殖、農業、生物醫藥、生態環境等領域取得了多項重要理論與應用成果。近五年主持國家級各類科研項目721項，立項經費達2億多元，其中“863”和“973”項目55項、國家自然科學基金項目110項(其中重點項目4項、國家傑出青年基金4項)；獲省部級以上獎勵20余項，申請專利180項，授權專利58項。出版專著(包括教材)40多部，發表論文2000多篇，收錄的SCI論文逐年上升，質量明顯提高。2005年，學院發表SCI論文已達158篇，影響因子總數達382.76、平均2.42，位居全國高校同類院系前列。